Школа осуществляет образовательный процесс по очной форме в соответствии с уровнями общеобразовательных программ трем уровням общего образования:
1 уровень - начальное общее образование, нормативный срок освоения - 4 года - 484 обучающихся.
2 уровень - основное общее образование, нормативный срок освоения - 5 лет - 451 обучающихся.
3 уровень - среднее общее образование, нормативный срок освоения - 2 года - 80 обучающихся.
В школе по заявлению родителей организуется изучение родных языков из числа языков народов Российской Федерации, в том числе русского языка как родного языка в пределах возможностей, предоставляемых МБОУ Школа № 49, в порядке, установленном законодательством об образовании.
МБОУ Школа не реализует профессиональные образовательные программы.